Caratula de Ninja Gaiden Sigma en su versión americana.
Ninja Gaiden Sigma es el segundo remake de Ninja Gaiden, e incorpora varias características que se encuentran en Ninja Gaiden Black. A pesar de salir al mercado como la versión "más completa", la versión de Ninja Gaiden Sigma elimina parte de las características de las dos versiones anteriores. Tiene menos trajes desbloqueables, se han eliminado los juegos de SNES y arcade desbloqueables, también cortaron la película de introducción, y la opción de reproducir las cinemáticas del modo historia.
Se hace uso del procesador mejorado de la PS3 para mejorar la calidad gráfica del juego, otorgando gráficos de alta definición. Se cambió el diseño de algunos niveles, se agregaron varios puntos de guardado y tiendas y se agregan tres capítulos de Rachel al modo historia. De igual manera Sigma cambio a varios enemigos e introdujo nuevos, como el motociclista MVAPs, tritones girtablilu, y fuegos fantasmas; se añadieron dos nuevos jefes, Gamov y Alternador. También se añadió una nueva arma, un par de katanas llamadas Garra del Dragón y el Colmillo del Tigre.
Sigma permite al jugador luchar en el agua, y disparar flechas en el aire. Los cambios más importantes incluyen: permitir al jugador usar objetos de curacion sin pausar el juego, agitar el control de PS3 SIXAXIS para aumentar el poder de los ninpos, el juego también premia a los jugadores con esencia amarilla de bonificación para su primer partida en función de su tiempo dedicado a jugar a la demo.
Sigma ofrece tres paquetes separados que se pueden descargar desde PlayStation Network por un módico precio. Estos paquetes temáticos Weapon Master, Master Speed, y Rachel Master constituyen el modo de supervivencia, y el modo misión en el que los jugadores siguen luchando hasta acabar con todos los enemigos. También se hizo incorporación de un sistema de clasificación en línea para el modo Supervivencia.