La trilogía de NES se compone de los siguientes juegos:
- Ninja Gaiden NES es el primer juego de la serie. De ello se desprende Ryu Hayabusa en su viaje por América. Después de haber recibido una carta de su padre para ir a Estados Unidos y encontrar Dr. Walter Smith no iba a volver, honra a Ryu deseos de su padre y los jefes de allí. Una vez en Estados Unidos, se encuentra con el Jaquio que quiere liberar a el demonio dentro de una estatua. Ryu derrota al demonio tras una larga batalla.
- Ninja Gaiden II: La Espada Oscura del Caos es el segundo de la serie. Un año después del primer juego, Ryu descubre que su novia, Irene Lew, ha sido secuestrada por el mago oscuro Ashtar. Ryu lo persigue para descubrir que Ashtar ha apuñalado a Irene y la espada de Ashtar se alimenta de caos. Después de enfrentamiento, Ryu Ashtar derrotas, sino que envía a su espada, junto con Irene en el reino del caos. Ryu sigue y se encuentra con Jaquio que se cree que han sido asesinados, después de derrotar a él, la espada oscura resucita Jaquio como un monstruo gigante. Ryu convoca a toda su fuerza y derrota a la bestia.
- Ninja Gaiden III: El Arca de la Perdición es el tercer y último partido de la trilogía de NES. Está situado entre los acontecimientos de los dos primeros partidos. Ryu, después de haber sido acusado del asesinato de Irene, debe limpiar su nombre. Ryu encuentros Foster, el director de la CIA que da rienda suelta a su doble suped arriba en Ryu. Ryu es superada, pero a salvo. No dejar que este conjunto de nuevo llegar a él, Ryu se pasea y hace que se al castillo de Foster en Foster revela sus planes, pero es interrumpida por la llegada de Irene, que fingió su muerte para Insitute una redada en Foster. Ryu se enfrenta a la doppelganger de nuevo y gana. Con todo lo demás de la manera, Clancy, el aliado de Ryu se revela como el verdadero villano y Ryu debe hacer frente a una versión robotizada de Clancy. Él lo hace y se las arregla para ganar.